Cuối thế kỷ thứ 15, đạo quân Ashikaga mất quyền kiểm soát lãnh thổ, các lãnh chúa tranh chấp liên miên và nội chiến kéo dài gần 100 năm. Khi Toyotomi Hideyoshi cuối cùng thống nhất được lãnh thổ, ông đã đưa ra một loạt những thay đổi mới cho võ sĩ đạo. Ông tổ chức cho người võ sĩ đạo có một cuộc sống ổn định hơn trong những dinh thự, lâu đài (tenshu), từ đó họ có thể tự quản lý và phòng chống kẻ thù từ bên ngoài. Đây là bước chuyển biến căn bản thay đổi võ sĩ đạo thành đội ngũ quân sự chuyên nghiệp. Để thực hiện công việc đó, Toyotomi Hideyoshi đã áp dụng phương pháp đánh thuế trên lúa gạo nhằm xác định cấp bậc võ sĩ đạo để quản lý và phát triển.

 Những nguyên tắc bao gồm qui luật, lời tâm niệm và phong cách của người kiếm sĩ, võ sĩ đạo được gọi là bushido (Luật chiến binh). Điểm chủ yếu là trung thành với lãnh chúa daimyo, tự quản, nói thật và không bộc lộ tình cảm của mình cho người khác biết. Mỗi một đạo quân shogun đều có nguyên tắc danh dự và hành xử riêng của mình, chẳng hạn trong thời Chosokabe Motochika (khoảng 1596), người võ sĩ đạo say sưa quá độ, làm ảnh hưởng đến người khác có thể bị chém đầu. Hoặc thời Takeda Shingen (1547), lấy vợ lấy chồng ngoài lãnh thổ cai trị của lãnh chúa là cấm kỵ. Hầu hết những nguyên tắc của người võ sĩ đạo đều dựa trên căn bản triết lý của đạo Khổng, đạo Phật và Thần đạo. Sau khi triều đại Meiji phục hưng (Minh hoàng Thiên trị, 1868-1912), những nguyên tắc của người võ sĩ đạo được duy trì và rèn luyện trong quân đội Nhật hoàng cho đến năm 1945. Ảnh hưởng này đã khống chế nhiều binh sĩ Nhật. Áp dụng nguyên tắc của người võ sĩ đạo trong Thế Chiến thứ II, không phản bội Tổ quốc, trung thành với Nhật hoàng nên họ đã tự sát trong danh dự để không bị bắt, đầu hàng hoặc trở thành tù nhân.

Cái chết đối với người võ sĩ đạo nhẹ như bông, nhưng chết trong danh dự hay chết trong ô nhục mới là vấn đề then chốt. Seppuku là một hình thức tự sát được xem là danh dự, đây là một phần truyền thống võ sĩ đạo, một phần mà những kiếm sĩ không thể từ chối. Hara-kiri cũng là một hình thức tự sát tương tự, đúng nghĩa của nó là mổ bụng. Seppuku được tiến hành ở ngoài chiến trường, bằng một nghi lễ đặc biệt, tất cả mọi người đều có thể tham dự và chứng kiến. Một khi người võ sĩ đạo đã tự mổ bụng mình, liền tiếp theo đó là đầu rơi. Chết như vậy đối với các võ sĩ đạo là một vinh quang, họ chết vì lãnh chúa để chứng minh lòng trung thành với chủ. Truyền thống này sau đó đã không được các quan cao cấp trong nhiều triều đại của Nhật ủng hộ. Kể từ năm 1603, và một lần nữa vào năm 1663 thực hiện Seppuku đã bị cấm. Tuy vậy, hiện tượng tự sát vẫn không dứt hẳn… Ý nghĩ tự sát trong danh dự là cách giải thoát lý tưởng của nhiều người Nhật trong xã hội hiện đại. Nhật Bản là một trong những quốc gia trên thế giới có nhiều vụ tự sát. Họ tự sát có thể vì thất bại công việc làm ăn trên thương trường hoặc chỉ vì thi rớt.